物理防治主要是利用热力、冷冻、干燥、电磁波、超声波、核辐射、激光等手段抑制、钝化或杀死病原物，达到防治病害的目的。这类措施通常比较费工，效率较低，但在某些条件下也可取得良好效果，一般只作为辅助防治措施。各种物理防治方法多用于处理种球、种苗、其他植物繁殖材料和土壤。

温汤浸种：用热水处理种子和其他无性繁殖材料，通称“温汤浸种”，可杀死在种子表面和种子内部潜伏的病原物。热水处理利用植物材料与病原物耐热性的差异，选择适宜的水温和处理时间以杀死病原物而不损害植物。一般用40～50℃温水浸泡10分钟至3小时，如唐菖蒲球茎在55可以防治由镰刀菌℃水中浸泡30分钟，可以防治由镰刀菌引起的干腐病。

覆膜防病：覆盖地膜除了保持土壤温度、湿度，利于植物根系生长外，对病害防治也有积极效果，其原因是膜对病害的传播有机械阻隔作用：夏季高温期铺设黑色地膜，吸收日光能，使土壤升温，既加速病残体的腐烂，又能杀死土壤中多种病原生物。而用银灰反光膜或白色地膜覆盖苗床，对蚜虫有忌避作用，可减少传毒介体蚜虫数量，减轻病毒病害。

辐射处理：利用各种物理射线对病原物的抑制或杀灭作用来达到控病目的的防治技术，此类技术因所需的设备较为昂贵，效率也不高因而应用受到了限抽。但目前已有利用辐射成功防治植物病害的实例。如Y射线已用于处理包括郁金香球茎贮藏期农产品。从长远来看，利用Y射线和超声波技术对一些高档鲜切花进行保鲜处理有广阔的应用前景。