经过传播，当病原物到达寄主适合的侵染部位表面时，不同的病原生物采取不同的侵入策略，归纳起来有三种侵入途径最普遍，即直接穿透侵入、自然孔口侵入和伤口侵入。

（1）直接侵入

病原物直接穿透寄主的角质层和细胞壁而侵入。除线虫和寄生性种子植物外，有些真菌也可直接侵入，如白粉菌属、刺盘孢属和黑星菌属等。采取这种侵入方式的病原物通常都有较强的寄生性，多属于专性寄生病原物。

（2）自然孔口侵入

自然孔口包括气孔、排水孔、皮孔柱头、蜜腺等。许多真菌和细菌老师从自然孔口侵入的。在自然孔口中，病原物以气孔为侵入点的情况最为常见，对于真菌孢子萌发形成的芽管或菌丝，以及溅落在植物表面上的细菌，气孔都是最方便的侵入通道。

（3）伤口侵入

植物表面的各种损伤的伤口，都可能是病原物的侵入途径。除机械损伤外，植物自身在生长过程中也可造成一些适合病原物侵入的伤口，如叶片脱落后的叶痕和侧根穿过皮层时所留下的伤口等。自然条件下伤口侵入是病原物最重要的侵入途径。植物病毒因为是专性寄生物，需要有寄主细胞并不死亡的极微伤口作为侵入细胞的途径。其他病原物如真菌、细菌，有的只是以伤口作为侵入途径，有的病原物除以伤口作为侵入途径外，还利用伤口的营养物质。

病原物的侵入途径与防治该当有关，对于利用伤口侵入的病害应该注意栽培和操作上避免植物的损伤和注意促进伤口的愈合。