大多数鲜切花病害由真菌引起，大约占鲜切花病害种类的70%～80%。

真菌是一类没有叶绿素的低等生物，没有根、茎、叶的分化，不含叶绿素，不能进行光合作用，也没有维管束组织，有细胞壁和真正的细胞核，细胞壁由几丁质和半纤维素构成，所需营养物质全靠其他生物有机体供给，营异养生活，典型的繁殖方式是产生各种类型的孢子。真菌孢子个体大小不一，多数要在显微镜下才能看清。真菌的发育分营养和繁殖2个阶段，菌丝为营养体，无性和有性孢子为繁殖体。

真菌性病害的主要症状是坏死、腐烂、立枯、穿孔、溃疡、萎蔫，少数为畸形，特别是在病处常常有霉状物、粉状物、絹丝状物或褐色鼠粪状菌核等病征，这是真菌病害区别于其他病害的重要标志，也是进行病害田间诊断的主要依据。主要有百合枯萎病、百合疫病、百合根腐病、百合灰霉病、月季黑斑病、月季白粉病、月季霜霉病、月季锈病、香石竹枯萎病、菊花褐斑病、兰花炭疽病、非洲菊疫病、花卉幼苗立枯病等。

真菌性病害在诊断时，通常用湿润的挑针或刀片将寄主病部表面生出的各种霉状物、粉状物和点状物挑出或刮下来，或进行切片，或撕下病部表皮，在显微镜下观察，就可以清楚地看到真菌的各种形态。如病部还没长出真菌的繁殖体，可用湿纱布或保湿器保湿24小时，霉状物等即可长出，再作检査和鉴定。有时病部观察到的真菌，并不是真正的病原菌，而是与病害无关的腐生菌。因此，要确定真正的致病真菌，需按柯赫氏法则，把病部在人工培养基上进行分离培养，对病原进行鉴定和人工接种。发病后需再分离培养和鉴定病原菌，如所鉴定的病原与原鉴定的一致并能致病，才能证明是真正的致病真菌。

带菌种苗、种球、病株及其残体和土壤是鲜切花真菌性病害的主要侵染来源。病原真菌可自身弹射或借助气流、雨水、昆虫或人为传播，可直接侵入或通过花卉植物表面的气孔、水孔、皮孔等自然孔口和各种伤口侵入体内，潜育期长短不一。