百合常见病虫害有鳞茎青霉病、茎腐病、病毒病等。

鳞茎青霉病在鳞茎贮藏期发生。病原菌分布在土壤与空气中，附着于鳞茎表面时，遇高温高湿的环境就会大量繁殖，通过鳞茎的伤口侵入。因此，在挖掘、运输鳞茎的过程中要尽量减少伤口，鳞茎采收后可先在25～30℃条件促进伤口愈合。贮藏期温度保持在O～5℃，并经常检查及时剔除病球。鳞茎贮藏前用药物消毒能控制病害，如用500倍液苯菌灵在27～29℃下浸种15～30min晾干贮藏，用2%的高锰酸钾或1%～2%的硫酸铵水溶液，或0.3%～0.4%的硫酸铜溶液处理等。

茎腐病发生于鳞茎或植株基部，由带病鳞茎与带菌土壤传染。应重视种球与土壤消毒，并尽量降低栽植前期的土壤温度。

病毒病百合病毒病由多种病毒引发，常见的有花叶病、簇生病。一般东方杂种受害较重。栽培上要重视轮作，宜选择没有百合与郁金香感病的地区生产，并重视蚜虫等病虫害防治。

虫害生长前期易受蛴螬、地老虎、金针虫等幼虫危害，可使用毒土与毒饵诱杀。生长期还会有多种蚜虫与蓟马、螨以及线虫危害。线虫也会引发植株矮化枯梢，叶转黄变褐而坏死。麝香百合受根蚀线虫危害较严重，故种植前除对土壤作消毒处理外，种球在种植前3～5d用水温45℃的200倍福尔马林(30%～40%的甲醛)溶液浸泡1h作消毒处理。