唐菖蒲在栽培过程中容易受蛴螬、地老虎、蓟马、尺蠖、螟蛾、叶蝉、蚜虫、线虫、病毒、茎腐病、锈病、灰霉干腐病等病虫危害。同时由于唐菖蒲对氟化氢极为敏感，当空气中氟化氢含量达到十亿分之一浓度时叶片易受危害，首先出现叶尖与叶缘褪绿、呈叶枯梢状，然后向叶中部与基部扩展，发生严重的黄化或呈灰白色。故唐菖蒲也是测定大气中氟含量的指示性植物。