菊花易发生黑斑病、白粉病、立枯病等，是栽培管理中的重点防治对象。主要害虫有菊小长管蚜(菊姬长管蚜)与桃蚜、白粉虱、菊天牛。菊天牛是危害菊花的主要害虫之一。一旦发现菊花茎梢枯萎症状，在其断茎下3～6cm处摘除枯梢，集中销毁，以减少成虫产卵并杀死幼虫。其他害虫有：

菊花潜叶蝇俗名夹叶虫。主要危害菊菌幼叶，少量发生时可用针刺杀初期幼虫，也可摘除有虫叶片集中烧毁。初发期用乐果或氧化乐果及菊酯类、有机磷类药剂喷洒有效果。

菊瘿蚊是温室菊花的常见害虫。在北方发生较多，成虫似蚊。

在无虫地区引进菊花种苗要进行检疫，防止插穗与植株传播。虫害发生初期可用氧化乐果、敌百虫等药剂防治。也有用1000倍液的氧化乐果灌根，杀幼虫效果明显。